《深化医药卫生体制改革研究》的目标是围绕深化医疗卫生体制改革需要研究的重点和难点问题，通过理论和实证研究，为制度完善和决策提供证据和信息。具体目的包括：系统总结国际卫生改革的理论、经验和教训，为深化我国卫生改革提供参考；研究促进基本公共卫生服务逐步均等化的关键理论和技术问题；分析基层卫生服务机构的功能与人力资源情况；提出公立医院产权改革和治理结构的框架和模式；提供国家基本药物政策研究的知识和证据。
　　《深化医药卫生体制改革研究》采用定量与定性相结合的方法。一是用系统综述分析的方法，系统分析了国内外“医改”主要政策，总结了现有研究，保证了研究在较高的基础上。二是采用定量研究，主要通过收集家庭和机构定量信息，完成研究内容中有关率、比例、频度、数量等指标的收集工作，这一部分主要是提供证据信息，同时也为理论研究提供证据支持。三是利用定性研究，对如何深化医疗卫生体制改革进行深入分析和讨论，以产生完善进一步深化改革的政策思路，同时作为定量研究的补充，对定量资料进行解释和深化，包括知情者访谈、专家咨询和政策研讨。
　　研究结果紧紧围绕上述研究目标，共分十二章对“医改”现状、挑战和政策建议进行了系统的总结和呈现。
　　第一章是概述，在总结“医改”进展的基础上.分析了进一步改革所面临的主要挑战和困难，提出了“医改”今后一个阶段的主要策略和政策。在此基础上，又分别从几个重要维度，提出了具体意见和建议。
　　第二章至第五章是基本公共卫生服务均等化研究，本研究利用多学科方法，对基本公共卫生服务均等化制度层面从各个维度进行了分析阐述；分析了确定基本公共卫生服务包的标准、原则、内容，并在此基础上明确界定基本公共卫生服务需要均等化的地区和领域；测算了基本公共卫生服务均等化服务项目成本；探讨了基本公共卫生服务均等化筹资政策研究。利用山东和宁夏调查资料，对两个不同经济发展区域开展和完善基本公共卫生服务均等化制度提出了建议。
　　第六章是基层卫生机构能力和人力资源研究，此部分描述和分析了“医改”以来基层医疗卫生服务体系建设情况，包括资金投入、基本设施建设、人员队伍建设等；调查和分析了基层医疗卫生机构服务功能开展和人力资源能力状况及其影响因素；通过与2008年研究结果比较，分析“医改”以来基层卫生服务体系建设与服务功能和人员能力变化之间的关系；提出了完善基层卫生服务体系建设、加强基层医疗卫生机构功能和人员能力的政策建议。
　　第七章至第九章是公立医院研究，利用“退出一呼吁”理论为工具，综合规范分析和实证分析的研究方法，研究了引进竞争和患者呼吁对医院市场绩效的影响。新“医改”的着眼点主要集中于改善医疗机构的外部制度环境。公立医院实际上是其所处制度环境的应对者，外部制度环境深刻影响着公立医院的绩效。探究公立医院现存的诸多问题，追根溯源都在于医院的外部治理。因此，改善医院绩效，必须要调整外部治理，从实质上突破“医改”瓶颈。
　　第十章至第十二章是国家基本药物政策研究，主要内容包括基本药品供应保障政策研究，基本药物有效生产保障目标、药品流通效率的提高、药品采购标准，科学有效的基本药品生产、流通和采购机制；基本药品的价格政策研究，包括研究我国目前的药品政府定价机制、政策环境、实施效果及影响因素，改革药品价格形成机制，探索科学的药品定价办法；基本药物的合理使用评价研究，研究基本药物不合理使用的类型、程度和影响因素，提出有效提高药品合理使用的干预性政策措施，并建立区域性的药品合理使用监测与评价网络。
　　在附录中，系统总结和呈现了典型国家和苏东地区“医改”基本情况。