《日本阳明学派之哲学》根据对立统一的原则，为江户以来的日本阳明学派设计了一个对立面—朱子学派，然后根据正反合原则，把中立于阳明学和朱子学之间的学者划归为“古学派”，企图折衷二者矛盾的学者的归纳为“折衷学派”,最后把都不沾边的学者划归为“独立学派”。在此之上该书详细论述了日本阳明学从江户到明治时期的传承，按流派和人物全面论述了日本阳明学派的源流、内容和特征。井上哲次郎的《日本阳明学派之哲学》是迄今为止日本阳明学最权威的著作，为日本阳明学在日本学术界挣得了正式的话语权。

《日本阳明学派之哲学》对中国学者的影响非常深远。如戊戌变法失败后逃亡日本的梁启超的日本阳明学修养和知识见闻基本上来源于该书;张君劢的《中日阳明学比较》以该书为知识源泉;朱谦之的《日本古学及阳明学》以该书为蓝本写成。