《云与大气现象（新版）》总体上可以分为十二部分，第一部分到第十部分是介绍“十云属”的分类体系，第十一部分是介绍一些有意思的特殊云，第十二部分是介绍一些与云有关的大气发光现象。
　　一本图鉴的检索系统至关重要。由于云分类体系在世界各地有所差异，我们主要参考了两种分类体系：一种是国内专业人士采用的，即《中国云图》中的分类体系，该体系为10云属29云类；另一种是观云爱好者经常采用的分类体系，包括10云属26种31亚种（变种）32附属云和从属云，这套分类体系较为复杂，而且有些种类还在增加中，这套分类系统除了积云性层积云、积云性高积云和伪卷云等外，还涵盖了首套分类系统中的所有种类。因此，我们以第二套系统为单元介绍各种云的特征和识别方法，而对于首套分类系统中超出的部分，我们也会作出相应介绍。
　　在第一部分到第十部分的文字中，我们采取基本统一的格式。你将会看到云的名称、它的别名，以及标准的拉丁名和分类地位。在如何识别的部分，我们采用条目来分别阐述云体的高度、主要特征形态，以及产生的原因和伴随的一些现象。倘若通过这些特征尚无法判断，还可以参看该种云和相似种类的区别，其中参考了很多云观测者的经验，当然也有我们自己的经验在里面。在天气一栏中，我们给出一些地方的民谚，以及云对天气的指示作用，但不得不明确一点，任何云对于天气的预报都不会百分之百准确，千万不要完全信任“看云识天气”这种方法。对每一种云的文字介绍之后，都是我们引以为傲的云照片，我们尽量选择特征明显的漂亮照片。对于一些云可能有专业人士或观云爱好者会产生异议，这是在所难免的。云可谓千变万化，这给云的分类带有一定的主观性，即使对于专业人士，对云的判断也带有很强的经验性。因此用照片作为参考时请尽量注意主要的特征，并参考图说，这样才能读懂照片。
　　第十一部分的结构与前面十部分大体相似。第十二部分是与云相关的大气发光现象。大气发光现象远不止我们列出的这些，但毕竟此书并非一本包罗万象的大气物理图鉴，我们只列出常见、和云主题相关的现象，并尽我们所能配上图片。