导致农产品质量出现安全问题的原因是复杂的：首先，有一家一户方式的小规模生产因素，一直以来，我国农业生产经营方式都是以单个农户经营为主的，根据国家统计局公布的第二次农业普查主要数据公报，2006年末，全国共有农业生产经营户20016万户；其次，有不法者的趋利因素；再次，有产业转型中利益主体趋多且利益关系复杂的因素；最后，还有监管体制不顺和监管缺位等因素。其中，制度的不完善是最根本的原因之一。如农产品生产者、经营者法律意识淡薄，消费者维权意识差，不懂得、不善于运用法律手段维护自身权益；尽管《农产品质量安全法》已经实施，但似乎并没有彻底改变农产品质量的糟糕现状。现有的法律法规也存在滞后性，以及协调性、配套性差等问题；在法律实施上，也存在相关部门不严格执法，对农产品质量违法行为听之任之，甚至执法腐败等现象。