《秦伯未医学论文集》收集了秦伯未先生1925年～1955 年间，在各种期刊发表的百余篇论文。所收入文章内容非常广泛，《秦伯未医学论文集》只能大概地分为三部分。
一、研究性论文，包括对中医前途的忧虑与坚定；对西医的看法，对中西医结合的态度；对中医教育的认识、实践、教材、分科诸问题的探讨与改革实践；对中医基本理论、学术问题的研究和发挥；对医家研究的论文。
二、临床性论文，这部分内容主要包括对疾病的研讨，以及对治疗的方法、药物、方剂等的研究，包括医案及生活中种种养生、保健诸内容。
三、其他论文，其中又包括医论、医话、随笔、序文及诗词书法等。