《中国自然保护区共管指南》采用问答的方式，对自然保护的基本知识，中国自然保护区共管的依据，自然保护区共管的概念框架，自然保护区共管的基本步骤，支持自然保护区共管的理论，保护区共管的社区行动支撑，围绕自然保护区的冲突与冲突管理，自然保护区共管的评估、监测和评价以及我国自然保护区相关的法律法规进行了详细的介绍；并将肖迎、张琛、邵阳、毕蔚林、邓维杰、那顺巴依尔、梁启慧、何少文、靳乐山、高晓巍、齐顾波、韩伟、胡崇德、管毓和、张跃明、张哲邻、丁海华、王超、王建新、董树文、麻奎太、郑松峰等提供的“中国自然保护区合作管理研究”研究案例进行了归纳和总结，介绍了我国11个自然保护区共管方面的经验和主要做法；最后，该指南还将在进行自然保护区共管行动中经常使用的社区参与式工具的具体操作方法和步骤以及注意事项等进行了介绍。
我国自然保护区的内容、周边环境等存在着极大的差异性和多样性，无法找到一种“放之四海而皆准”的程序和方法，因此本指南的目的并不是要介绍完整的共管操作程序和方法，而是推介一种理念、一种思路和一种框架。