本专著通过功能基因组学、比较基因组学、生物信息学和表观遗传学等研究方法，针对猪、鸡品质、遗传抗性、生长、繁殖等典型的复杂性状，定位、分离和克隆影响这些复杂经济性状的基因和基因网络，阐明其形成和调控这些复杂经济性状表型的分子遗传机理。同时，研制了高通量基因型诊断技术平台，发展优质基因的平衡集成方法，提出了系统平衡育种理论。包括7个板块的研究内容：1.生长发育性状的功能基因组；2.品质性状形成的分子基础；3.繁殖性状形成的遗传机理；4.抗病和抗逆基因的克隆分析；5.重要复杂性状比较基因组；6.表观遗传和miRNA影响性状形成的机制；7.重要经济性状的分子改良。