《中国珍稀濒危植物图鉴》分为藻类和菌类、蕨类植物、裸子植物和被子植物四部分。每部分内部按物种所属科的拉丁学名字母顺序排列。考虑到《国家重点保护野生植物名录（第一批）》作为法律条文的附件，具有相应的法律约束力，编委会决定《中国珍稀濒危植物图鉴》基本沿用《中国植物志》科的概念，从而与名录相对应，但在另外一方面，由于近年来系统学的快速发展，许多物种的系统学位置发生变化，而部分类群的分类研究结果之间争议非常大，如红豆杉属种的界定、木兰科属的划分等，对于这些类群，本图鉴采用编写专家的处理意见，并由编写专家决定是否在附注中对其分类地位予以解释，同时名录中所有物种的拉丁学名都在每个物种名称部分引用，不管其是否处理为异名，但他们的基原异名原则上不引用。
　　《中国珍稀濒危植物图鉴》在文字描述的基础上，为每一物种绘制了到县一级的分布图。物种的分布信息根据国内标本馆的馆藏标本、发表的科研论文、出版的图书等确定。分布的文字描述以省（自治区、直辖市）为单位进行表述，如物种在某个省内仅为1～2个县分布，则将表述具体到县，如为3个或3个以上的县，则不再标注县名。经过广泛征集和鉴定，本书为360个分类群配置了总计近1000幅彩色照片，仅内蒙古大麦未能征集到适合的照片。为更清晰、明确地展示物种特征，便于识别，《中国珍稀濒危植物图鉴》还为大部分物种配置了线条图。