全书分上中下三编。上编五章：第一、二章，站在宫廷上层的视角，看待晚明佛教复兴的机缘与措施，兼论上层政治、外来文化对晚明佛教的影响。第三、四章，从高僧对上层反馈的角度，探讨晚明高僧群体在与上层交往中经历的政治争端与各自的归宿。第五章，附以清易代之际的高僧苍雪读彻的交游，展示其与乃师乃祖拥有相似的清流意识。中编三章：尝试将视角转向士大夫与僧众互动，讨论晚明佛教复兴中僧俗共举最为重要的事业——《嘉兴藏》刊刻的过程、经历人事及五台山经场的归宿，及其交游中体现出的政治与现实的去向。下编四章：第一章，解构既有晚明史叙述中的“四高僧”观念，重新开展对晚明佛教史的探讨。第二章，讨论士大夫的本土宗教尤其是民间信仰的成分，第三章，以实例证明晚明佛教复兴中汉藏佛教交流的生动表现，第四章，讨论近世佛教传统中的晚明汉藏佛教更多的细节，还原被世人所忽略的“周边”与“主流”：藏传佛教的元素的影响与表现。