《东南亚区域史》强调从整体史和文明史的角度重构东南亚区域史的书写范式，因此在设计课程的内容板块时，强调将东南亚区域发展的历时性与共时性紧密结合起来，既注重不同时间断面（time-crossing）上东南亚各国和区域整体的演进轨迹，也注意同一时间断面上各个国家和民族之间的横向联系。
　　《东南亚区域史》的主要内容包括“东南亚区域发展史”“东南亚文化史”“东南亚与周边地区交流史”三个板块。其中，“东南亚区域发展史”注重从整体史观构建东南亚历史的发展脉络，为此需要在传统东南亚国别史的基础上，既注重各国历史的纵向演进，也注意梳理各国历史发展的横向联系，揭示这种横向联系在东南亚区域史形成中的作用，从而完整呈现东南亚区域史的整体面貌。“东南亚文化史”注重从文明史观复原东南亚文化发展的历史过程，主要从本土文化的生长与外来文化的影响两个层面揭示东南亚文化的形成与嬗变过程，文化的要素包括语言文字、文学艺术、宗教信仰、建筑雕刻等。“东南亚与周边地区交流史”是东南亚历史发展进程中一个非常重要的方面，这与东南亚地处东亚与南亚两大文明交汇区的地理区位密切相关，而便捷的水陆通道是东南亚与周边地区交流的桥梁。