《科学的哲学基础》通过把一般西方科学层面上科学的哲学基础问题放到科学哲学层面放大,作精细考量,力图揭示科学产生和发展的哲学原理,勾勒科学的哲学面貌。运用一般西方哲学的思想资源在科学层面探讨问题,以“形而上学一认识论一方法论一生存论”为经,以“发现脉络一辩护脉络”为纬,试图使所有科学的哲学基础问题都在这个架构中得到精准定位。同时,一般西方哲学和科学哲学的诸多学派和学说也都就科学的哲学基础在此架构中进行定位。坚持“论从史出”和“以论观史”相结合,把问题和相关学说放到历史现场去审察发掘深意并把它们安放到上述架构的相应位置进行重构。