在沟口一生丰富的学术活动中，有一个根本性的问题意识，这就是中国为什么选择了社会主义制度，而日本却选择了资本主义制度？换成沟口更喜欢的用语，或许准确的说法应该是：为什么中国社会倾向于把大于体制的相互扶助作为社会的一般性原理，而日本社会则倾向于在自上而下的体制之中进行竞争？
　　作为前近代中国思想史研究的大家，沟口对于清末民初之际的研究比重不大，而对于民国时期的研究则更为有限。但是，他对于中国历史的认识，却是一个完整的结构，这个结构当然也包含了当代中国的历史。在沟口看来，中国在辛亥革命之后花费了三十八年的时间才完成了建国的任务，这个时间的长度说明了中国在历史转型期所承载的重负——这是一个在列强威逼之下完成转型的艰难过程；而日本从甲午战争到侵华战争之所以可能得逞，都仅仅因为其实质是这个特定转型时期的“乘人之危”之举。沟口不仅对于日本这个不光彩的行为有严厉的批判，更从历史学家的角度对日本内部军国主义的思潮发出过警告：日本社会对中国的傲慢自大态度，是以中国特定历史时期为基础的，这个时期日本乘人之危的所作所为是可耻的，何来夸耀的资本！而当这个历史时期已经结束，亦即当中国历史的转型已经完成之际，日本不可能再重走当年的军国主义老路，也不可能以东亚大国自居，日本应该找到自己的合适位置，合乎实际地成为一个以科技贡献为主的“小国”。沟口这个近二十年前的警告，今天显现了比当时更为真切的现实感，这或许正是他历史眼光的好体现。