《导航系统应用数学分析方法》共分为八章，第一章简要地介绍了涉及舰船导航系统的基本知识，包括舰船导航系统发展概述、数学基础知识等；第二章主要就导航系统基本原理进行了介绍，包括惯性导航系统、卫星导航系统、天文导航系统、计程仪、罗兰C导航系统；第三章主要就导航系统误差进行了介绍，包括导航系统误差的一般分析、惯性导航误差、卫星导航误差、天文导航误差、计程仪误差和罗兰C误差分析；第四章介绍了导航信息参数估计方法，主要包括方差估计、多元线性回归分析、非线性最小二乘估计和导航信息的最优估计等计算方法；第五章介绍了卡尔曼滤波方法基本理论，主要包括基本卡尔曼滤波算法、联邦卡尔曼滤波和Unscented卡尔曼滤啵分析；第六章介绍了导航信息的非线性滤波基本理论，包括自适应滤波、粒子滤波、神经网络和小波变换中的主要方法；第七章较详细地介绍了舰船导航系统中常用的数据处理、评定和融合方法，主要包括导航信息的不确定度评定、系统误差的发现与动态不确定度评定；第八章对导航系统中的控制性能分析作了较详细的介绍，《导航系统应用数学分析方法》主要包括能控性和能观测性分析、状态观测器数学描述、导航系统稳定性分析和黎卡提方程求解。