《教育部马克思主义理论研究和建设工程重点教材配套用书·硕士研究生思想政治理论课教材：自然辩证法概论》章节目的安排按照“马克思主义自然辩证法”基本定位来展开，突出自然辩证法学科的特征，并注意与科学技术哲学学科的联系和区、别，更注重思想性的传授。这是本次教材编写在教学内容上的一个新的认识。《教育部马克思主义理论研究和建设工程重点教材配套用书·硕士研究生思想政治理论课教材：自然辩证法概论》明确提出中国马克思主义科学技术观与创新型国家建设的教学内容。创新型国家建设体现了当代科学、技术与社会一体化的发展趋势，特别是中国马克思主义科学技术观为我国创新型国家的建设提供了重要的理论支撑，因此，第五章以“中国马克思主义科学技术观与创新型国家”作为独立一章。这是《教育部马克思主义理论研究和建设工程重点教材配套用书·硕士研究生思想政治理论课教材：自然辩证法概论》编写在教学内容上的一个新的举措。教材编写中，各章节的具体编写注意针对西方哲学中反马克思主义的观点，尤其是一些政治性的东西予以理论上的回应。