《全国农田面源污染排放系数手册》以我国农业种植区划和优势农产品区划为依据，在主要农作物种植区域选择典型种植制度和具有代表性地形、地貌的农田，在收集分析国内外农田面源污染流失系数研究方法、结果和全国农业种植区划及优势农产品布局等资料的基础上，构建了农田污染物流失负荷测算方法。综合考虑农田面源污染的发生规律和主要影响因素（如地形、气候、土壤、作物种类与布局、种植制度、耕作方式、灌排方式等），主要依据地形和气候特征，将全国种植业污染源划分为六大区域。结合各个分区的所辖县（市）具体特点在全国设置典型农田作为定位监测点，全国共设置地下淋溶和地表径流定位监测试验点372个。