《陈崑山教授学术思想与临床经验》第一部分介绍了陈崑山教授的学术思想、临床经验。学术思想部分主要总结了陈崑山教授“遵古研古不泥古，衷中参西重辨证，广泛汲取诸家长，博采众方灵活用”的学术思想。临床经验部分主要总结了陈崑山教授治疗肝胆病、风湿病、危急重症、疑难杂症，以及用大黄和毒药的宝贵经验，这些经验反映了中医不但能治常见病、多发病，同样能治很多危急重症和疑难杂症，并取得满意的疗效；同时公开了陈崑山教授经过数十午临床摸索总结的一些验方，这些验方疗效确切。
　　《陈崑山教授学术思想与临床经验》第二部分精选了陈崑山教授的214个验案。这些验案基本上是“原生态”的，未经过多雕琢，能较全面地反映陈崑山教授作为一个中医临宋家的丰富经验及其专长。
　　《陈崑山教授学术思想与临床经验》第三部分收录了陈崑山教授1992年为研究生讲课时写的讲稿。此文总结了陈崑山教授几十年来深入研究“辨证论治”的观点和体会。
　　《陈崑山教授学术思想与临床经验》第四部分收录了陈崑山教授1962年写的毕业论文。此文充分反映了陈崑山教授在学生时代刻苦学习的精神及取得的优异成绩。