经过收集整理、消化吸收、合理取舍、集思广益的过程，《老科学家学术成长资料采集工程丛书：论文写在大地上·徐锦堂传》基本以时间脉络为主线，以黄连天麻研究为中心，分为十个章节：
　　第一章童年（1929-1937）——记述了徐锦堂出生的家庭背景：精明的父亲因度量衡改制，由贫致富，爱子如命的母亲和善良的姐姐。
　　第二章烽火中成长（1937-1948）——记述了徐锦堂青少年时期因日寇侵华，家业败落，颠沛流离，父亲、二姐病故。抗战胜利后，他举债读书却无奈辍学。
　　第三章解放（1949-1958）——解放后徐锦堂焕发了青春活力，上中专、当老师、喜结良缘、最终圆了几代人梦寐以求的大学梦。
　　第四章八年蹲点（1958-1966）——总结了徐锦堂面对几百年毁林搭棚的传统栽连方式，大胆改革，历经艰难困苦，终于实现生态栽连的“徐锦堂模式”。
　　第五章自立课题（1958-1966）——记述了徐锦堂的天麻研究从自掏腰包起步，到实现天麻野生变家栽首次成功的经历。
　　第六章蹉跎岁月（1960-1985）——记述了徐锦堂在时代的大潮中，顺应时代变迁，处逆境绝不消沉，对未来乐观豁达，始终走在时代的前头。
　　第七章移师汉中（1972-1975）——记述了徐锦堂重启天麻研究并在汉中建立“试验基地”，研究成功天麻无性繁殖固定菌床法，并大力推广规范化的栽培方法。
　　第八章探寻天麻生长的秘密（1975-1988）——天麻研究进入最关键时期，他发现天麻多代无性繁殖种麻退化，但是不被世人理解，落入“四面楚歌”境地。他证实了蜜环菌明显抑制天麻种子萌发，进一步试验证明是蜜环菌的代谢产物抑制天麻种子发芽，否定了天麻一生都离不开蜜环菌的传统观点，发现真正使种子发芽的是萌发菌（小菇属真菌），并且成功完成天麻种子萌发菌的分离、筛选、鉴定，揭开了天麻生活史的全部奥秘。
　　第九章红霞满天（1993-2008）——主要记述徐锦堂晚年的重要成果。还记述了陕西湖北农民，自发集资为他们心中的“天麻之父”、“黄连之圣”塑像的纪实。由农民自发集资、为活着的科学家塑像目前尚无先例。
　　第十章论文写在大地上——本章节主要记述徐锦堂的黄连天麻研究产生的巨大经济效益和广泛持续的生态效益，以及几十年来徐锦堂取得的科研成果与著作论文。