《医学分子生物学（第2版）/国家卫生和计划生育委员会“十二五”规划教材》的主要修订包括：
　　第一篇中尽量不再重复本科阶段侧重的蛋白质化学与合成的内容，删去酶与生物催化剂一章，将别构调节在蛋白质结构与功能中体现；侧重介绍蛋白质的折叠与定位和蛋白质的修饰与降解；增加蛋白质的相互作用、糖蛋白的结构与功能和蛋白质组学。
　　第二篇的特点是内容经典，进展迅速。修订后，重点介绍真核生物基因表达的表观遗传调控、转录调控和非编码RNA与基因表达及其调节。
　　第三篇合并了第1版的第三、四篇。主要以基本生命活动为切入点进行介绍，包括增殖、分化、凋亡、应激和代谢，侧重细胞信号转导机制。
　　第四篇将原来分散在各篇中与疾病诊断和治疗、分子生物学应用方面相关的内容集中在一起。疾病相关的内容包括：基因和基因组异常与疾病，蛋白质分子异常与疾病，代谢异常与疾病，癌基因和抑癌基因异常与疾病；应用相关的内容包括：基因工程与基因工程药物、基因诊断、基因治疗和生物医学信息学应用。