由于南北朝时期的朝代较多，各自的时间与空间范围错综交织，为综合反映历史事件的时代顺序和空间分布，《南北朝佛教编年》按北魏、东魏和北齐、西魏以及北周、南朝等顺序分别记述。时间划分则按照各朝代的建立和覆灭，具体为：北魏（386-534）、东魏（534-550）、北齐（550-577），西魏（535-556）、北周（557-581）、南朝宋（420-479）、齐（479-502）、梁（502-557）、陈（557-589）。
　　由于资料的不足和模糊，某些事件的年代是作者根据相关资料综合研究并借鉴学界已有成果后的判定；对于一些年代不十分确切，但影响较大的事件，也放入了相近的年代。此类情况都会在记载该事件处予以说明。
　　在每一具体年代中，内容大致分为前后两个部分。前一部分侧重于正史、佛教传记和诸经典文献的梳理，后一部分侧重于造像碑刻等考古资料。这样做的目的，主要是为了便于读者对不同资料的查询。没有造像碑刻的年代，则没有这种划分了。
　　每条史实前所加小标题均为作者对资料内容的简单概括，以便于读者对内容的查阅和把握。
　　《南北朝佛教编年》中引用的资料原文，皆用引号标示，并注明资料出处，其余内容为作者对历史事件的整理和叙述。有些内容带有按语，是对历史事件的进一步说明。