第一辑（1-4卷）是讲某一日，进次郎遭遇外星人百慕拉袭击，进次郎的父亲——原科特队队员早田，为救进次郎身着原式装甲与百慕拉战斗，被百慕拉重伤，进次郎迫不得已变身奥特曼打败了百慕拉，百慕拉称自己是“最初的敌人”后，仓惶逃脱。芝顿星人艾德劝说进次郎承担奥特曼的重任，进次郎虽然犹豫不决，但是在成功解救货车司机以及打败食杀人类的艾达希克星人后，他成为奥特曼的心逐渐坚定下来，决定作为守护大家的奥特曼而存在。最终，进次郎全力迎敌，将艾达希星克人消灭。

第二辑（5-8卷）是讲科特队接手连续杀人案件，于是诸星在井手的要求下，带着进次郎来到“外星人之街”联络情报贩子。远藤刑警通过捕获逃跑的外星人获取了线索，又通过在佐山玲奈的网上论坛恶意留言，引出布利斯星人，随后诸星变身赛文将其击杀。进次郎在街上遇到怪兽与其交战，犹豫不决使他陷入困境，也激发出他惊人的斗志，触发了进次郎潜在的飞行能力后顺利打败敌人，随着案件的水落石出，进次郎与诸星在玲奈的巡回演唱会上联手击败了特工阿达德和百慕拉。

第三辑（9-12卷）是讲进次郎的学校来了一名转校生——北斗星司，星司知道进次郎的奥特曼身份，并变身艾斯奥特曼协助进次郎击败导弹超兽贝劳克恩。星司表明自己的身份，并表示自己是为了创造一个外星人可以被地球人所接受的和谐家园而战，但星司依靠力量的勒索行为让进次郎不满，两人发生战斗后，被赶来的诸星劝开，而星司也知道了自己的朋友夕子遭遇袭击，现在在百慕拉的手里，星司心急如焚，这时科特队的艾德交给星司一份12年前的行凶集团根据地报告。

第四辑（13-16卷）是讲知晓了12年前空难事故真相的星司决心找行凶者复仇，为了保护星司，进次郎、诸星以及科特队的精锐尽出。不料却落入了当年幕后操作的星团评议会设计好的陷阱，科特队员全部阵亡，星司、进次郎和诸星与艾斯杀手集团殊死拼杀。在进次郎的鼓舞下，星司重新振作起来，单枪匹马地与艾斯杀手博斗。然而，艾斯杀手竟是不死之身，星司危在旦夕，这时进次郎体内的力量觉醒，终将敌人消灭。但艾斯杀手使用的刀具发出信号，一个巨大的炮弹穿过次元洞穴从天而降。百慕拉使用斯派修姆光线解除危机，战斗在百慕拉带走星司后收尾。