《应用分子药理学（第二版）》从第一版的共十四个章节增加到二十四章，使内容更加完整、系统；包含了分子药理学的总论，如受体、离子通道、信号转导系统的分子水平调控等；以及神经、精神系统药物，神经退行性疾病药物，心脑血管药物，调血脂药物，糖尿病等代谢性疾病药物，抗炎免疫、抗肿瘤、抗菌、抗病毒药物的分子药理学。特别值得指出的是，根据临床需求和目前医药市场的需求和未来发展，这一版中加进了抗组织纤维化药物，生物技术药物，即主要为抗体药物的设计、药理学作用及机制的新的内容。同时这一版也对有些内容进行了删减，如去掉了生殖激素类药物一章，将单独P-450一章合并为药物代谢酶与转运蛋白调控及分子机制等。