午夜，卢浮宫博物馆年迈的馆长被人杀害。在人生的最后时刻，馆长脱光了衣服，明白无误地将自己的身体摆成达·芬奇名画《维特鲁威人》的样子，躺倒在艺术大画廊的拼花地板上，还在尸体旁边留下了一个令人难以捉摸的密码。哈佛大学符号学专家罗伯特·兰登与密码破译天才索菲·奈芙着手对一大堆怪异的密码进行整理，他们发现一连串线索竟然隐藏在达·芬奇的艺术作品中！
兰登猛然领悟到，馆长其实是郇山隐修会的成员——这是一个成立于一〇九九年的秘密组织，其成员包括西方历史上诸多伟人，如牛顿、波提切利、维克多·雨果，以及达·芬奇！兰登怀疑怀疑这桩谋杀跟一个传说有关：几百年来，郇山隐修会一直保存着一块拱顶石，它是寻找圣杯的关键物件，而圣杯中藏着一个惊天的秘密。

兰登与奈芙跟一位神秘的幕后操纵者展开了斗智斗勇的角逐，足迹遍及巴黎、伦敦，杀手的追杀以及当地警方的追捕一度让他们命悬一线。终于，真相浮出水面：幕后操纵者是一位圣杯学者，为了得到郇山隐修会的拱顶石，进而找到圣杯，解开圣杯中蔵着的秘密，他以拯救天主教会的名义，派人杀了馆长。也是他，指使人一路跟踪兰登与奈芙，并设法从兰登手中骗得拱顶石。就在他以为一切得逞时，却发现所谓的“圣杯”并不存在，或者说“圣杯”其实不是一件物品，而是真实的耶稣和玛利亚：他们是人，不是神。