《生态环境保护综合行政执法指南》结合新修订的《行政处罚法》，围绕生态环境保护综合行政执法的重点工作，进行系统论述。
　　《生态环境保护综合行政执法指南》全书共分八章：首章为生态环境保护综合行政执法概述；第二章为生态环境保护综合行政执法依据；第三章为污染源环境执法；第四章为建设项目环境保护与排污许可管理执法；第五章为自然生态保护及其他环境领域监管执法；第六章为生态环境行政处罚；第七章为生态环境保护综合行政执法与刑事司法衔接；第八章为生态环境保护综合行政执法风险防范。其中，生态环境部环境工程评估中心的王文娟同志负责编写了第三章。
　　《生态环境保护综合行政执法指南》的一大亮点是，运用二维码链接的方式突破篇幅限制，在书中相应位置嵌入了大量生态环境保护综合行政执法工作中所需的法律、法规、执法解释、司法解释与技术规范、相关文件、典型案例等内容，尽量为生态环境保护综合行政执法工作提供详尽指引。