全书90卷，共收入15部医学专著。其中卷一至卷十七为《订正仲景全书·伤寒论注》，卷十八至卷二十五为《订正仲景全书·金匮要略注》，在校正《伤寒论》和《金匮要略》原文的基础上，集诸家之注而作。卷二十六至卷三十三为《删补名医方论》，收集清代以前名方二百余首，逐一注释阐发。卷三十四为《四诊心法要诀》，卷三十五为《运气要诀》，卷三十六至卷三十八为《伤寒心法要诀》，卷三十九至卷四十三为《杂病心法要诀》，卷四十四至卷四十九为《妇科心法要诀》，卷五十至五十五为《幼科杂病心法要诀》，卷五十六至卷五十九为《痘疹心法要诀》，卷六十为《幼科种痘心法要旨》，卷六十一至七十六为《外科心法要诀》，卷七十七至卷七十八为《眼科心法要诀》，卷七十九至卷八十六为《刺灸心法要诀》，卷八十七至卷九十为《正骨心法要诀》；编次清晰，论述扼要，选方平稳，切于临床实用。并且论病皆先歌诀，后注释，有的还辅之以图，便于记诵。既适于初学医者之朝夕诵读，又宜于临床医家之案头参考。