全书遵循经文本身的结构,按照“题解”“原文”“简注”“今译”“评析”的次序,对《解深密经》作了深入细致的探究。“题解”部分,位于经文每一品的开头,对该品的大义给予提纲挈领的说明,并适时地与本经乃至整个唯识思想进行关联。“简注”部分,择取经文中的关键名相,予以简明扼要的注释。“今译”部分,以现代汉语对“原文”进行逐字逐句的翻译,并适当增补字句,使文意更加明晰,尤其能够满足普通读者的阅读需求。“评析”部分,是全书的核心:作者以《解深密经》为中心,贯通《楞伽经》《瑜伽师地论》《辩中边论》《大乘庄严经论》《摄大乘论》《成唯识论》等主要唯识经论,对唯识思想以及修学法门给予完整深入的阐释。