《黏膜免疫及其疫苗设计》主要包括四大部分。首先介绍了黏膜免疫的发展历史，第1部分的主要内容是详细介绍黏膜屏障及其与黏膜免疫的关系，详细描述了各个黏膜免疫途径（消化道、呼吸道和生殖道）及其相关组织和细胞（第2章和第3章）。第2部分的主要内容是深入讨论了黏膜免疫机制，主要从与黏膜免疫密切相关的M细胞、肠上皮细胞、树突状细胞、T细胞、Th17细胞、上皮内淋巴细胞、SIgA、淋巴细胞归巢、口服免疫耐受、黏膜免疫的调节、黏膜免疫的衰老等方面进行详细阐述（第4章）。第3部分的主要内容是阐明以黏膜感染为主的消化道传染病、呼吸道传染病和寄生虫感染疾病的感染机制和黏膜免疫机理（包括第5章、第6章和第7章）。第4部分较全面介绍了近年来黏膜免疫疫苗及其发展策略，包括黏膜免疫佐剂、主动黏膜免疫递送系统、被动黏膜免疫递送系统和植物口服载体等，以及消化道免疫特点和呼吸道疫苗设计的基本原理及策略（第8章），通过各种方法有效提高黏膜免疫力。