持续进行改建工程的横滨车站，终于开始了自我增殖，侵噬了日本本州99%的土地。被横滨车站侵噬的土地都称为站内。站内居民，大脑被植入Suika管控。车站系统会通过Suika监控每个人，若有人的Suika非法或有人无Suika进入站内，会立刻受到附近的自动检票机的驱逐。

因为有海峡的阻隔，横滨车站尚未侵入九州岛，但侵占行动从未停歇。九州岛在JR福冈公司的控制下，一直在抵御横滨车站的入侵。此外，还有技术较发达的JR北日本公司也在通过各种手段抵御横滨车站的扩张。

未植入Suika的站外少年寻人，从小到大都生活在站外。他身负多年前流浪到站外的老人的嘱托——寻找42号出口，通过“18车票”（18车票为一种临时性站内通行证）进入车站，开始了为期五天的站内之旅。

在站内，寻人遇到了一直隐藏在站内反抗车站统治的组织首领，遇到了搜集站内情报的JR北日本的仿生人间谍，一路东躲西藏，经过一系列历险，终于到达了“42号出口”。

与此同时，JR福冈的员工久保利，因厌倦了自己的工作，偷逃到四国岛。四国岛虽也未被横滨车站入侵，但那里资源匮乏，秩序混乱。在四国岛，久保利遇到了JR北日本的另一个仿生人间谍，两人一起开启了一段冒险之旅。

当年日本一直在战争笼罩下，横滨车站不断被炮火破坏，人们于是开发出能不断自我修复的技术应用于横滨车站。结果技术失控，横滨车站开始疯狂的自我复制增殖，不停扩张。而“42号出口”存有对抗车站失控增殖的装置。经过再三考虑，寻人按下了消除整个横滨车站的按钮。