《思想史中的日本与中国》是一本讨论思想史认识论的书：第一部讨论了沟口雄三中国思想史研究的整体结构，特别是他在经验研究中折射出来的原理性假说；第二部讨论了20世纪50年代后期发生在日本的昭和史论争。《思想史中的日本与中国》通过对这两个个案的研究，提出了关于如何破除静态的知识感觉，建立把握动态过程的认识论课题。在形而下层面建立多元的普遍性，关键在于如何通过相似性进入差异，并进而在差异状态中理解差异。为此，不仅需要哲学认识论的翻转，而且需要对经验的重新认知。破除旧形而上学的干扰，把世界视为过程的集合体，而不是事物的集合体，这个恩格斯留下的思想课题，通过对形而下之理的探讨激发出新的理论能量。