《圣斗士星矢THE LOST CANVAS冥王神话》以18世纪的欧洲为舞台,在当时的意大利某小镇上,有着日本血统的孤儿天马和喜爱绘画的亚伦是-对挚友。某日亚伦受到大圣堂的神父(睡 神修普诺斯)的指引, 去到一处被称为“地面上的极乐净土”的地方寻找“真实之红”。在那里亚伦遇到了一个叫“潘多拉”的神秘女性,自此亚伦的身体就开始发生了变化。
另一方面,受到天秤座的黄金圣斗士童虎的引荐,天马决定前往希腊圣域接受圣斗士的训练。在圣域,天马遇到了儿时的青梅竹马萨莎。几年前被人收养的萨莎,原来竟然是女神雅典娜的转世。在两年之后,天马终于成为了天马星座的圣斗士。
另外一方面,受到潘多拉引导的亚伦,体内的冥王哈迪斯的灵魂觉醒,并向圣域发动全面进攻……