故事讲述拥有神之力的主人公凉宫春日，为找出未来人、外星人、超能力者、异世界人并与他们一起玩耍，建立了SOS团。巧合的是，被春日找来的SOS团团员，除了阿虚，都各自拥有超常的身份。朝比奈实玖琉是未来人、长门有希是外星人、古泉一树是超能力者，但春日却对此全然不觉，每天都带着团员们东奔西走寻找神秘事件。在春日不自觉的影响下，世界发生了各种改变——神秘的“闭锁空间”、会说话的猫、春日不存在的“另一个世界”、无限重复的八月、被暴风雪袭击的神秘山庄、分裂成两条世界线的世界……尽管状况连连，但在阿虚等人的努力下，各种奇异现象得以平息，春日对世界的影响被降到了*低。故事围绕拥有“神”之力，自己却对此不知情的凉宫春日展开，天马行空的幻想让人眼前一亮，有着十足的阅读趣味。