《抗菌药物临床应用指南（第2版）》共分三章以及附录，即概述、抗感染药简介、常见感染性疾病的抗感染治疗及附录中抗菌药临床应用的有关表格。主要内容为：第一章抗感染药临床应用原则、治疗及预防性应用、特殊生理、病理情况、患者抗感染药的应用；第二章抗感染药简介，主要介绍各类抗感染药物的适应证及应用时注意事项和常用剂量。本章在各类抗感染药前有一简要介绍，包括该类药物的共同特点、主要品种、临床应用要点等；第三章常见感染病治疗原则、在未明确病原时的经验治疗及已明确病原患者的病原治疗。
《抗菌药物临床应用指南（第2版）》主要供国内各级医院及各医疗单位医师处方时使用，也可供医药工作人员参考。
《抗菌药物临床应用指南（第2版）》中所收载抗感染药品种包括抗菌药、抗真菌药、抗病毒药及抗原虫药，以已上市的国内外常用品种为主，并包括少数正在进行临床试验不久即将在国内上市的品种。本《指南》因以抗菌药为主，故仍沿用了《抗菌药物临床应用指南》的名称。