《神农本草经疏》共三十卷，卷一、卷二有《续序例》上、下，《续序例》上有论文三十余篇及诸病应忌药总例，《续序例》下为阴阳表里虚实门、五脏六腑门、六淫门、妇人门、小儿门、外科等各科主证用药，卷三至卷五为玉石部．卷六至卷十一为草部，卷十二至卷十四为木部，卷十五为人部，卷十六至卷十八为兽部，卷十九为禽部，卷二十至卷二十二为虫鱼部，卷二十三为果部，卷二十四至卷二十六为米谷部，卷二十七至卷二十九为菜部，卷三十为补遗。每味药列有“疏”、“主治参互”、“简误”等项。
《神农本草经疏》内容切于实用，有“《经疏》出而《本草》亡”之说。宜于初学者学习、掌握，是中医药院校师生及临床医生必备的参考书。